Lo stile eclettico degli arredi interni trova corrispondenza nel giardino, caratterizzato da cortile d’onore aperto sulla facciata principale della residenza, arricchito da una grande aiuola centrale e dalla presenza della foresteria. Sul retro una ridotta area formale, con siepi di sempreverde potati in forme geometriche, è impostata sul cannocchiale prospettico in corrispondenza del terrazzamento centrale. Il giardino prosegue invece sull’ampia zona digradante con macchie di vegetazione e alberature lungo il pendio, che seguono il sentiero e delimitano le zone a prato.

Le scuderie si trovano al limitare della proprietà sul lato sud, con possibilità di accesso da una via secondaria, che in origine serviva da via carrozzabile per il passaggio di cavalli e carrozze diretti alla residenza.

La consistenza botanica del sito è assai varia e consta di esemplari ad alto fusto in prevalenza assegnabili ad essenze autoctone. Tuttavia arricchisce l’ampia area paesaggistica anche un rilevante numero di esemplari esotici, che quasi certamente erano previsti nel progetto originario, ma che si sono diffusi spontaneamente in modo eccessivo, soprattutto nella zona centrale.

Villa Confalonieri è una tra le ville minori che sorgono nel comune di Merate. È stata edificata per volere del Barone Enrico Confalonieri nei primi anni del Novecento su progetto degli architetti Fausto e Giuseppe Bagatti Valsecchi, che dal 1912 al 14 si sono occupati anche della progettazione del giardino.

Durante la Grande Guerra la villa fu abitata dalle suore dell’Ordine delle Orsoline che aveva lasciato Milano per una zona più tranquilla e meno pericolosa.